يتولى المدير العام تسيير أعمال المكتب، وتمثيله أمام القضاء وفي علاقته بالغير، ويكون مسئولاً أمام النائب العام عن حسن تسيير جميع شؤونه وفقًا للأنظمة المعمول بها، ويمارس بوجه خاص الاختصاصات الآتية:

1. إصدار القرارات والأوامر والتعليمات إلى الإدارات التابعة للمكتب ووحداتها ومنتسبيها لتحقيق الأهداف المكلفة بها وتنظيم سير العمل فيه.

2. الإشراف على تنفيذ كافة القوانين واللوائح والقرارات والأنظمة ذات الصلة باختصاص المكتب.

3. وضع السياسات والخطط الاستراتيجية المتعلقة بعمل المكتب ورفعها إلى النائب العام لاعتمادها.

4. وضع القواعد المنظمة لضمان أمن وسرية المعلومات المتعلقة بنشاط المكتب.

5. التنسيق والتعاون مع كافة الجهات المعنية الاتحادية والمحلية.

6. اقتراح اللوائح والنظم المالية والإدارية والهيكل التنظيمي للمكتب ورفعها إلى النائب العام.

7. إعداد اللوائح والأنظمة الداخلية المتعلقة بعمل المكتب ورفعها إلى النائب العام لاعتمادها.

8. إعداد لائحتي تفويض الصلاحيات والمخالفات والجزاءات ورفعها إلى النائب العام لاعتمادها.

9. إعداد التقارير الدورية عن سير العمل بالمكتب وتقييم الأداء السنوي لمنتسبي المكتب ورفعهما للنائب العام.

10. إعداد مشروع الميزانية السنوية والحساب الختامي للمكتب ورفعهما وفقًا للتشريعات المعمول بها في الحكومة الاتحادية.

11. اعتماد المعاملات المالية في حدود ما تنص عليه الأنظمة واللوائح المالية المعمول بها في المكتب ووضع القواعد والإجراءات المتعلقة بتنفيذ بنود الميزانية في الأغراض المخصصة لها.

12. توفير ما يلزم لمنتسبي المكتب من سلاح أو عتاد بما يتفق وطبيعة مهام واختصاصات المكتب، وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.

- للمدير العام تفويض بعض اختصاصاته إلى أحد كبار منتسبي المكتب من العسكريين، وفقًا لما تحدده لائحة تفويض الصلاحيات المعتمدة من النائب العام.